Статья посвящена концептуальной проработке информационной системы, которая обеспечат оптимизацию взаимодействия предприятий агропромышленного комплекса, науки и образования для всех уровней управления: федерального, регионального, муниципального и корпоративного (фермерского). Для этого формируется универсальный фрактальный фреймворк взаимодействия организаций перечисленных сфер. В основу построения фреймворка положен метод структурирования функций качества, который позволяет замкнуть цикл между выявлением потребности рынка в продукции и услугах агропромышленного комплекса и удовлетворением этой потребности с повышенным качеством за счет включения в него специальным образом услуг науки и образования. Особенностью предлагаемого подхода является придание научным и образовательным приложениям адресного и взаимосвязанного характера, что позволяет сконцентрировать усилия агропромышленных, научных и образовательных организаций на формировании добавочной стоимости и ценности продукции на рынке. Такой подход позволяет заинтересовать венчурных инвесторов, что приводит к увеличению налоговой базы, и, соответственно, росту федерального бюджета. В результате также растет ресурс на развитие фундаментальной науки, которая не обязательно должна быть привязана к потребностям рынка. В настоящей работе предлагается также фрагментарный пример математической модели для оптимизации формируемого на фрактальной основе процесса взаимодействия участников сфер сельскохозяйственного производства, науки и образования. Отмечается опыт реализации предложенного подхода в реальном секторе экономики.